هویت جنسی عبارت است از احساس فردی مرد یا زن بودن که از سنین 3 و 4 شروع می شود. برای تشخیص اختلال هویت جنسی در DSMIV دو ملاک عمده وجود دارد که ملاک الف – همانند سازی قوی و مستمر با جنس مخالف و ملاک ب – اساس ناراحتی مستمر با جنس خود یا احساس نامتناسب بودن در نقش جنسی خود را شامل می شود.

شیوع این اختلال ، از %6-16 در مطالعات همه گیر شناسی غیر رسمی متغیر بوده است. برای ارزیابی این اختلال می توان از گزارش والدین، روشهای رفتاری و فنون فرافکن استفاده کرد. از عارضه های همراه این اختلال می توان به افسردگی، آشفتگیهای رفتاری و اختلالات شخصیت اشاره کرد. بین سوگیری جنسی و هویت جنسی رابطه قطعی  نمی توان فرض کرد. در مدل نظری زاکر برادی و کواتیس، یک عامل عمومی که اضطراب کودک را افزایش داده و عوامل اختصاصی که به صورت پویا در درون خانواده یا کودک وجود دارند، به عنوان علل اصلی اختلال هویت جنسی معرفی شدند. برای درمان می توان از فنون رفتاری و روان تحلیلی و آموزش خانواده استفاده کرد، ولی کار با خود بیمار و درمان عارضه های همراه از جمله افسردگی و سایر مشکلات روانی–اجتماعی، از اهمیت ویژه ای برخوردار است.